种蛋收集后，立即装盘上架，在专用的熏蒸室内，按每立方米容积加福尔马林42毫升、高锰酸钾21克的比例，将福尔马林倒入盛有高锰酸钾干粉的容器中，熏蒸30分钟。熏蒸时关严门窗，保持温度24℃以上，湿度75%以上，熏后排出气体。在入孵升温前可用同样的方法再消毒一次，用药量减少1/3。种蛋消毒除用熏蒸法外，完全可以采用喷雾法进行。方法是将5%的新洁尔灭配制成0.1%的溶液（水与5%新洁尔灭之比为50∶1），均匀喷洒在种蛋表面。采用过氧乙酸消毒时，将20%的过氧乙酸配制成0.1%的溶液，均匀喷洒在种蛋表面。
1：种蛋的消毒方法很多，甲醛熏蒸：用40％的甲醛溶液和高锰酸钾按比例混合产生气体可迅速有效的杀死病原体。第一次、第二次按每立方米用42ml甲醛加2lg高锰酸钾熏蒸20分钟，可杀死95％～98％的病原体。第三次在入孵器内按每立方米用28ml甲醛溶液、14g高锰酸钾消毒。第四次按每立方米用14ml甲醛溶液、7g高锰酸钾的浓度进行雏鸡熏蒸消毒。过氧乙酸熏蒸：按每立方米用过氧乙酸溶液50ml、高锰酸钾5g熏蒸15分钟，可快速有效杀死大部分病原体。当然大型种鸡场还可用洗蛋消毒液，进行消毒。
3：漂白粉液消毒法：将种蛋浸入含有活性氯1.5%的漂白粉液中3分钟，取出沥干后即可装箱。使用此法，必须在通风处进行。
4：高锰酸钾（灰锰氧）消毒法：高锰酸钾为黑紫色结晶，有金属光泽，易溶于水。消毒种蛋时用0.5%的高锰酸钾溶液浸泡种蛋1分钟，取出沥干后装盘即可。
5：种蛋保存期间水分会通过气孔不断蒸发，快慢与周围的环境湿度有关，种蛋库的相对湿度以75％～80％较适宜。正常情况下温度15～18℃，湿度75％～80％，5天之内对孵化率和雏鸡质量无明显影响。超过7天孵化率会明显下降，时间再长失去孵化价值。
